Общероссийская общественная организация «Союз казаков» образована 29 июня 1990 года делегатами Учредительного Круга казаков (со всей территории Советского Союза), в качестве представительного народного объединения, выступающего не только за возрождение и государственное становление Казачества, но и за восстановление Великой, Единой и Неделимой России. Большой круг состоялся в г. Москве. На Круге был принят Устав, избраны Атаман Союза казаков, Совет Атаманов и Правление Союза казаков Атаманом Союза казаков России (с 2000 года Верховный Атаман Союза казаков) стал родовой донской казак, ныне полковник Союза казаков России, доктор экономических наук, Александр Гаврилович Мартынов, последовательно избиравшийся атаманом Общероссийскими казачьими Кругами до 2008 года.
В настоящее время Союз казаков России представляет собой единственную Общероссийскую организацию казачества, имеющую разветвленную структуру казачьих объединений не только во всех местностях традиционного компактного проживания, но и во многих регионах нетрадиционного проживания казачества, по воле судьбы заброшенного в эти районы. (Из пресс-релиза Союза казаков к VII Общероссийскому Кругу Союза казаков 28 июня 2008 года)
Главной целью Союза казаков является возрождение политической, историко-культурной, духовной и хозяйственной самобытности казачества.
Возрождение казачества неразрывно связано с укреплением российской государственности, обретением нашим обществом политической стабильности, поддержанием традиций народовластия и духовным оздоровлением народа. В апреле 1990 года представители казачьих организаций собрались в Москве и создали Оргкомитет по созыву Учредительного Круга Союза казаков.
С первых дней своего существования Союз казаков, в лице своих представителей, ведет постоянную работу в государственных органах по разработке и принятию необходимых законодательных актов по реабилитации казачества. 26 апреля 1991 года принят Закон РСФСР «О реабилитации репрессированных народов», который содержит положения о необходимости государственной реабилитации казачества. В августе 1991 года рабочей группой Верховного Совета РСФСР и членами Правления Союза казаков разработано Постановление Верховного Совета РСФСР «О политической реабилитации казачества», созданы комиссии ВС РФ и Правительства РФ по проблемам казачества. Активная работа по принятию и проведению в жизнь содержания подобных законодательных актов продолжается и в настоящее время. Усилиями Атамана Союза казаков и ряда депутатов Государственной Думы II созыва Государственной Думой, выступили в порядке законодательной инициативы, был направлен в Государственную Думу для принятия Закон «О казачестве», закладывающего основы становления казачества во благо России. В канун рассмотрения его палатой в Государственную Думу был внесен Президентом РФ законопроект «О российском казачестве». Эта законотворческая работа продолжалась около 8 лет. Закон принимался четыре раза, преодолел «Вето» Президента РФ, был рассмотрен Согласительной комиссией палат Федерального собрания. Но околоказачьи чиновники и «друзья казачества» все сделали, чтобы заволокитить принятие, нужного казакам Закона «О казачестве» и направили его в Совет Федерации на пересмотр. Там в ноябре 1999 года он был «отклонен». В настоящее время структурные подразделения Союза казаков действуют на всех исторических землях казачества и на территориях современного расселения казаков.
В Союз казаков входят: Союз казаков Дальней России, Союз сибирских, уральских, оренбургских и семиреченских казаков, Донское казачье войско, Всекубанское казачье войско, Черноморское казачье войско, Ставропольское казачье войско, Терское казачье войско, Казачье войско Калмыкии, Астраханское казачье войско, Уральское казачье войско, Оренбургское казачье войско, Сибирское казачье войско, Семиреченское казачье войско, Единое Енисейское казачье войско, Иркутское казачье войско, Забайкальское казачье войско, Амурское казачье войско, Уссурийское казачье войско, Якутский казачий полк, отдельные казачьи округа: Северо-Донской, Западный, Северо-Западный, Сахалинский, Всекамчатский Союз казаков, и другие казачьи организации: союзы казаков и казачьи землячества (всего более 70 крупных региональных объединений). Происходит возрождение и развитие культурной и духовной сфер жизни. Творчески работает множество казачьих фольклорных коллективов, регулярно проводятся фестивали народного искусства, издаются газеты и журналы по казачьей тематике (свыше 50).
В 1997 году Союз казаков провел акцию Памяти и Примирения. 5180 километров – такова протяженность маршрута российской делегации по дорогам Белоруссии, Польши, Чехии, Германии, Австрии. Встречи с общественностью, посещение памятных мемориалов (Ольшанское кладбище в Праге, Центральное советских воинов в Вене, казачье в Лиенце и другие). Говоря об основной идее мероприятия, глава делегации, атаман А.Г. Мартынов, особо подчеркнул: «Через память о наших павших воинах, мы хотим примирить все народы». Союз казаков постоянно оказывает помощь Русской Православной церкви и другим традиционным конфессиям нашей страны в организации их мероприятий. Для управления хозяйственной и экономической сферами жизни организации Союза казаков в Москве создан Торговый Дом Союза казаков.
В рамках взаимодействия с армией, пограничной федеральной службой, МВД, казачество участвует в действиях по наведению и поддержанию конституционного порядка, охране границы, в противодействии терроризму и наркобизнесу. По программе патриотического воспитания молодежи и детей Союз казаков проводит работу по организации и созданию казачьих учебных заведений, созданы и работают кадетские казачьи корпуса, кадетские классы, гимназии, воскресные приходские школы. Союз казаков является учредителем Московского казачьего кадетского корпуса им. М.А. Шолохова, в котором проходят обучение 300 кадетов. Ежегодно летом открываются десятки казачьих молодежных военно-спортивных лагерей. 10 лет подряд в г. Анапе в августе проводится детский фестиваль «Казачок».
В 2003 году Ученый Совет Союза казаков, объединивший 60 докторов и кандидатов наук разных направлений, создали творческий коллектив, подготовили и издали первое в истории казачества России научное издание «Казачество. Энциклопедия». В 2008 году вышло второе дополненное и исправленное издание, ставшее значительным событием в жизни казачества РФ и Ближнего Зарубежья. В 2007 году Союз казаков принял участие в проводимой Военцентром при Правительстве РФ научно-практической конференции «Казачество в истории России». За активное проведение военно-патриотической работы среди молодежи, школьников и казачат Союз казаков, его пять казачьих войск, награждены почетными знаками. Атаман Союза казаков А.Г. Мартынов и двенадцать атаманов казачьих организаций и десять казаков–активистов награждены медалью «Патриот России». В январе в Москве сотни детей со всей страны собираются на ежегодную рождественскую елку «Казачий круг». Уже несколько лет организовывается Рождественский казачий бал в Московском казачьем кадетском корпусе им. М.А. Шолохова.
29 июня 2008 года с г. Ставрополе прошел VII Общероссийский Большой Круг Союза казаков, на который прибыло 774 выборных делегата. Верховный Атаман Союза казаков Мартынов А.Г. подал в отставку, но Большой Круг решил оставить его пожизненно в звании Верховного Атамана. Действующим Верховным Атаманом Союза казаков был избран родовой семиреченский казак полковник Задорожный Павел Филиппович, который до настоящего времени возглавляет это казачье объединение. Союза казаков продолжает активно наращивать свою численность, через воссоздание бывших и вновь создаваемых региональных отделений в краях и областях Российской Федерации: Липецкой, Орловской, Псковской, Ярославской и других областях.
На Ямале развитие казачества получило с создания 18 октября 1992 года общественной организации Обско-Полярная казачья лини, которая входит в состав Сибирского казачьего войска Союза казаков России и имеет 5 подразделений (казачьих округов) на территории Ямало-Ненецкого автономного округа. Первым атаманом линии был избран родовой кубанский казак, на тот период депутат Совета народных депутатов Тюменской области, ныне кандидат исторических наук Геннадий Степанович Зайцев. А с 2008 года ямальских казаков возглавил родовой кубанский казак в восьмом поколении, депутат парламента автономного округа, кандидат юридических наук Валерий Иванович Степанченко, стоявший у истоков возрождения казачества на Ямале. В настоящее время в Ямало-Ненецком автономном округе работают казачьи округа Союза казаков России в городах Салехарде, Надыме, Губкинском, Муравленко и Ямальском районе.
В 2013 году Верховный атаман Союза казаков России П.Ф. Задорожный, побывав в городе на Полярном круге на праздновании 20-летия создания народного ансамбля казачьей песни «Любо!» Обско-Полярной казачьей линии, высоко оценил вклад казаков заполярья в общее дело возрождения казачьей культуры в суровых условиях Крайнего Севера.